Balıkesir isminin kökeni, tarih boyunca farklı kültürlerin etkisiyle şekillenmiştir. Şehrin adıyla ilgili en yaygın kabul gören teori, ismin “Balak Hisar” veya “Balık Hisar” kelimelerinden türemiş olduğudur. “Balak” kelimesi eski Türkçede “güçlü, sağlam” anlamına gelirken, “hisar” ise “kale” demektir. Dolayısıyla, “Balıkesir” kelimesi, “güçlü kale” veya “kuvvetli hisar” anlamına gelir. Bu ad, bölgenin coğrafi yapısıyla da örtüşmektedir, çünkü Balıkesir, antik dönemlerden beri önemli savunma noktalarına ev sahipliği yapmıştır.
Şehrin tarihi oldukça eskilere, antik çağlara dayanır. Balıkesir bölgesinde, tarih öncesi dönemlerden itibaren Mysia, Lydia ve Persler gibi medeniyetler yaşamıştır. Antik kaynaklarda, bugünkü Balıkesir topraklarında “Misya” olarak bilinen bir bölgenin varlığına işaret edilmektedir. Roma ve Bizans dönemlerinde şehir, tarım ve ticaretle öne çıkmış ve “Palaeokastron” adıyla anılmıştır. Palaeokastron, Yunanca kökenli bir kelime olup “eski kale” anlamına gelir. Bu isim, zaman içinde Türklerin Anadolu’ya gelmesiyle birlikte “Balık Hisar” olarak değişmiş ve zamanla “Balıkesir” şeklini almıştır.
Selçukluların 11. yüzyılda Anadolu’ya girişiyle birlikte bölge, Türklerin yönetimine geçmiştir. Selçuklular, stratejik önem taşıyan bu bölgeye Türk boylarını yerleştirmiştir. Selçuklu belgelerinde Balıkesir, “Balak Hisar” olarak anılmış ve bu isim, bölgedeki kalelerin sağlamlığına vurgu yapmıştır. Karesi Beyliği döneminde şehir, ticaret yollarının kesişim noktasında önemli bir merkez olmuştur. Karesi Beyliği’nin Osmanlı’ya katılmasıyla birlikte, Balıkesir hızla büyümüş ve Osmanlı İmparatorluğu’nun batı Anadolu’daki önemli şehirlerinden biri hâline gelmiştir.
Osmanlı döneminde Balıkesir, özellikle tarım ve hayvancılık faaliyetleriyle tanınmıştır. Şehrin ismi, Osmanlı arşivlerinde de sıkça “Balıkesir” olarak geçmektedir. Cumhuriyetin ilanından sonra, şehrin adı resmî olarak “Balıkesir” olarak tescillenmiştir. Bugün Balıkesir, hem tarihi kalıntıları hem de doğal güzellikleriyle Türkiye’nin önemli şehirlerinden biri olmaya devam etmektedir. Şehrin ismi, güçlü kaleleri ve tarihî geçmişinden gelen köklü mirası yansıtan önemli bir sembol niteliğindedir.