Amasya isminin kökeni, antik dönemlere dayanan zengin bir tarihe sahiptir. Şehir, Hititler, Frigler, Persler, Pontus Krallığı, Roma ve Bizans gibi birçok medeniyete ev sahipliği yapmıştır. Amasya isminin, şehrin eski kurucuları olarak bilinen Amazonlar ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Antik kaynaklara göre, Karadeniz bölgesinde yaşayan savaşçı kadınlar olan Amazonlar, Amasya ve çevresinde yaşamışlardır. Bazı tarihçiler, şehrin isminin Amazon Kraliçesi Amasis’ten geldiğini öne sürmektedir. Bu görüşe göre, şehir önce “Amasis”, daha sonra “Amaseia” olarak adlandırılmıştır.
Pontus Krallığı döneminde Amasya, başkent olarak büyük bir önem kazanmıştır. Pontus Kralı Mithridates döneminde, şehir bilim, sanat ve kültür merkezi hâline gelmiştir. O dönemde şehir, Grekçe kaynaklarda “Amaseia” olarak anılmıştır. “Amaseia” kelimesi, Grekçe’de “Amasis’in şehri” anlamına gelir. Roma döneminde de şehir bu adla anılmaya devam etmiştir. Roma İmparatorluğu’nun önemli şehirlerinden biri olan Amasya, aynı zamanda ünlü coğrafyacı Strabon’un memleketidir.
Bizans döneminde, Amasya ismi değişmeden kullanılmaya devam etmiş ve şehir bir piskoposluk merkezi olmuştur. Bizans kaynaklarında Amasya, “Amaseia” veya “Amasiada” olarak geçmektedir. Şehir, bu dönemde hem stratejik hem de dini açıdan önemli bir konumda bulunmuştur. Selçukluların Anadolu’ya gelişiyle birlikte, Amasya hızla Türk kültürünün etkisi altına girmiştir. Selçuklular, şehrin adını korumuş ve Amasya, Anadolu Türk-İslam kültürünün önemli merkezlerinden biri olmuştur.
Osmanlı döneminde Amasya, özellikle şehzadelerin eğitim aldığı bir merkez olarak tarih sahnesinde önemli bir yere sahip olmuştur. “Amasya Genelgesi”, Türkiye Cumhuriyeti’nin kuruluş sürecinde kritik bir dönüm noktasıdır. Cumhuriyet döneminde de şehir, geleneksel adını koruyarak Amasya olarak resmîleştirilmiştir. Bugün Amasya, tarihi yapıları, Yeşilırmak kıyısındaki Osmanlı konakları ve geçmişin izlerini taşıyan anıtlarıyla kültürel mirasını yaşatmaya devam etmektedir. Şehrin adı, hem antik efsanelerden hem de zengin tarihi geçmişinden izler taşıyan köklü bir mirasın simgesidir.